El Consejo Directivo es un órgano de Administración de la Corporación, integrado por 11 miembros y quienes se encargan de elegir al Director General de CORNARE para un periodo de tres años, entre otras funciones.
El Consejo Directivo de CORNARE está integrado por:

• El Gobernador de Antioquia o su delegado, quien lo presidirá.
• Un (1) representante de la Presidencia de la República.
• Un (1) representante del Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial.
• Cuatro (4) alcaldes de los municipios de la jurisdicción de la Corporación, elegidos por la Asamblea Corporativa para periodos de un (1) año, por el sistema de cuociente electoral, de manera que queden representadas las diferentes subregiones de la jurisdicción de la Corporación.
• Dos (2) representantes del sector privado, elegidos por la Asamblea Corporativa para periodos de tres (3) años.
• Dos (2) representantes de las entidades sin animo de lucro, que tengan su domicilio en el área de la jurisdicción de CORNARE y cuyo objeto principal sea la protección del Medio Ambiente o recursos naturales renovables, para periodos de tres (3) años y su elección se hará de conformidad con lo dispuesto por el articulo 26 de la Ley 99 de 1993.